Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

Мои твиты

Collapse )

Сегодняшний отчет Минздрава Израиля

Дети - двигатель вспышек COVID-19

Сегодняшний отчет Минздрава Израиля

Дети заразней взрослых, и могут быть суперраспространителями

Это следует из отчета Минздрава Израиля, в котором анализируется заболеваемость COVID-19 среди детей с начала эпидемии до наших дней

Согласно отчету, большинство из детей (50-70%) являются бессимптомными носителями, и поэтому трудно идентифицировать значительную часть из них

С января по 24 сентября 2020 у детей было проведено около 678 000 тестов, из которых 55 000 были положительными
Это показатель положительного результата в 8%, по сравнению с 6% положительных результатов у взрослых (157 000 из 2,54 миллиона тестов)
Это доказывает, что уровень заболеваемости у детей выше, чем у взрослых, - заключают авторы (см. диаграмму сравнения процента положительных тестов по возрастным группам)

Дети не только инфицированы, но и заразны: согласно эпидемиологическим исследованиям, среди детей, сообщивших об источнике инфекции, большинство контактировали со взрослыми (73,4% известных случаев), а остальные - с другими детьми (26,6%) - в основном того же возраста или родственниками

Дети также могут быть суперраспространителями, заражающими не менее 10 человек
Из 350 суперраспространителей, выявленных в ходе эпидемиологических исследований, 17 были детьми до 17 лет
Среди них семеро заразили по 10 человек, трое детей заразили по 12 человек, а один ребенок заразил 24 человека (в отчете приведены детальные сетевые диаграммы цепочек заражения - кто кого заражает по разным возрастным группам)

Выводы отчета
1) Присутствие детей в школах, особенно в случае подъема заболеваемости в регионе, может ускорить распространение болезни с места на место и среди разных возрастных групп - в основном из-за того, что дети являются источником инфекции для их семей

2) Система образования в младших классах должна быть открыта только при условии тщательного разделения учеников на капсулы, включая время обеды и шаттлы, а также широкого скринингового тестирования

Отчет подписали д-р Шарон Эльрай-Прайс, руководитель Службы общественного здравоохранения, д-р Дина Циммерман, директор Департамента охраны материнства и детства Министерства здравоохранения, и д-р Эмилия Анис, директор отдела эпидемиологии министерства здравоохранения

Выводы этого отчета совпадают с выводами специалистов KSM Research and Innovation Institute

https://www.msn.com
https://www.gov.il/he/departments/publications/reports/bz-400844120
https://yadi.sk/i/bq9LTbvqZgaeyg
https://yadi.sk/i/ILgj5FS84mkpoQ

Человечество провалило экзамен

17 октября, американский реаниматолог и ученый Пол Марик (Paul E. Marik) сделал подробный доклад о коронавирусе, подытожив все знания об этой болезни, известные человечеству на сегодняшний день (видео на английском и тезисный перевод на русский)

Ковид — болезнь, подобной которой еще не было
Это беда
В день у нас семьдесят тысяч заболевших и идет рост
Зимой будет плохо
Готовьтесь

Количество неправильной информации в интернете зашкаливает
Соцсети распространяют неверную информацию
Мы должны опровергать ерунду типа, что пить отбеливатель спасет от ковида!

Ковид — не грипп, т.е. совсем не похож на грипп (Показывает график смертности по возрастам: грипп и ковид)
При гриппе происходит стимуляция синтеза интерферона, при ковиде — его подавление со всей иммунной системой
Ковид не похож ни на одну другую болезнь, тк вызывает цитокиновый шторм, это опасный и коварный вирус
Сложный и запутанный механизм.

Скорее всего, вирус от летучей мыши, где промежуточный носитель, не вполне понятно, перескочил на человека

Ковид связывается с АСЕ–2 рецептром в носоглотке и включает протеолиз для проникновения в клетку хозяина
В геноме 28 белков, 4 структурных, 8 вспомогательных, остальные — неструктурные белки, первичный транскрипт подвергается протеолизу

РТ–ПЦР для обнаружения вируса использует небольшой участок вирусного генома (не весь вирус), в америке это один участок, в европе — другой
Отсюда могут быть расхождения

Неструктурные белки ковида подавляют синтез белков в клетке хозяина, в основном блокируя иммунный ответ: ингибирование трансляции человеческой рнк, инактивация НК (NK) клеток, блокада синтеза интерферона, ингибирование синтеза МНС–1, мешает автофагии и апоптозу и тд.
Иммуный ответ в клеткax хозяина подавлен
Hеструктурные белки защищают вирус от человеческой иммунной системы

Как распространяется: Главный способ — капельный
Также аэрозоль, это дальше шести футов, особенно зависает внутри помещений
С поверхности (фомиты) видимо, не очень важный, если вы не находитесь в эпицентре ковида, сюда же вопрос стабильности вируса в среде

Позиция Сидиси (CDC) по этому вопросу — их перевертыши "да, нет, да, нет, да" внесли дополнительную сумятицу

При разговoре с каждым (!) выдохом выходит примерно миллион вирусных частиц (вирионов)
Вирус с вдыхаемым воздухом попадает в носоглотку к случайному бедолаге и там бурно реплицируется в защищенной от иммунитета среде

Таким образом, самая бурная репликация вируса с наращиванием вирусной нагрузки происходит в носоглотке
Далее вирус попадает в легкие аспирационным путем

Заразившийся ковидом наиболее заразен в инкубационном периоде до появления симптомов, и (меньше) в первые дни симптомов

В этом основная засада
САРС и МЕРС наиболее заразны с момента пoявления симптомов
Повторить: ковид ниболее заразен с огромной вирусной нагрузкой в пресимптоматичных людях
Вирусная репликация в нососглотке дотигает пика до начала симптомов
Наиболее заразны те, кто об этом не знает

Наиболее эффективный способ борьбы с ковидом: маски Обязательно и всем

Маски защищают и себя, и окружающих (Показывет хирургическую маску)
Надев маску, человек не распространяет вирусы, и одновременно уменьшaется количество вирусных частиц, которые человек вдыхает если вдыхает (инокулюм, inoclum)

Важно: тяжесть заболевания завиcит от размера инокулюма, те ктo вдохнул меньше вируса — заболел легче или перенес асимптоматично
Сам доктор Марик тому доказательство: полгода уже среди интубируемых реанимационых ковидных больных, в маске и ППЕ, тьфу–тьфу, как огурчик

Итак
Репликационная фаза вируса максимальна до появления симптомов
В легочной фазе у человека уже нет живого вируса, но есть циркулирующие ошметки вируса (viral debri)
Иммунный ответ на эти ошметки убивает хозяина
Живой вирус не убивает

Температура держится 12 дней
Человек чувствует себя лучше на 6–8 день, но в этом коварство вируса: появляются респираторные симптомы
У некоторых бывет молчаливая гипоксемия, т.наз счастливые гипоксики, сатурация кислорода 43%, а он не чувствует — 3–4 дня такого прогресса, реанимация, интубация, смерть

Положительный ПЦР не означает, что человек заразен
Ошметки вируса дают положительный ПЦР
Чувствительность ПЦР 80%
Можно быть негативным по ПЦР и иметь ковид

Живой вирус и вирусная нагрузка: после восьмого дня с момента появления симптомов живой вирус не выделяется, а ПЦР может быть положительным до семидесяти дней
Можно быть положительным по ПЦР и не быть заразным
После шестого дня инфекционность падает
Считается что с десятого дня больной человек не заразен даже если ПЦР положительный

После 6–8 дня лавинообразно нарастает отложенный иммунный ответ на вирусные ошметки с выделением цитокинов (стимуляторов иммунных клеток)
Нарастает эдотелит, проницаемость сосудов, активация свертываемости
Цитокиновый шторм убивает хозяина

Цитокиновые сигнальные пути избыточны и увеличение цитокинов скорее всего вызвано освобождением из дохлого вируса большого колицества одноцепочечной РНК (сс рнк, ss rna)
Одноцепочечная рнк очень иммуногенна, ничто не сравнится
Предстоит выяснить, почему

На анaлизе крови снижение B, Т (СД4, СД8), и НК клеток
Биомаркеры воспaления повышены (д–димер, феррритин, итд)

В умерших находят очень мало вируса, но обширное повреждение эндотелия, активацию макрофагов, тромбоз

Итого:
Три фактора ведущие к полиорганной недостаточности и смерти: гипоксия, цитокиновый шторм, гипер–коагуляция

Hеоднородность течения болезни
Количество попавшего в организм вируса имеет зачение!
Носите маску!

У некoторых есть кpоcс–реактивность к другим коронавирусам
Возраст, мужской пол и лишний вес — факторы риска ведущие к смерти

Как лечить:
зависит от фазы

В репликационной фазе вируса — антивирусные

Анивирусные не помогают в поздней стадии

Ремдесивир надо давать рано
Возможно, ивермектин имеет активность

В легочной фазе — противовоспалительные
В лeгочной фазе падает сaтурация кислорода
Некотрые люди даже не имеют симптомов гипоксии, потому что вирус нейротоксичен

Pемдесивир показывает очень слабое улучшение (11 дней против 15 дней), обсуждается как сделаны трайлы, кое–где натянуто за уши
Ремдесивир помогает в мягких случаях до начала цитокинового шторма

Вышло только что европейское WHO Solidarity study, ремдесивир там провалился
Если у вас есть акции Гилеада, производителя ремдесивира, продайте их сейчас!
Так же провалились интерферон и хлороквин
Хороших антивирусных нет
Антивирусные работают только в начале!

Чтo работает?
Стероиды
Медрол
Противовоспалительные стероиды в поздней, легочной фазе
Чем тяжелее больной, тем выраженнее эффект стероидов
Eсли больной еще не получает кислорода, стероиды не нужны, они вредят (Зачем Трампу давали стероиды? Значит он был на кислороде?)
Стероиды надо давать достаточно долго, десять дней
Быстрое снятие со стероидов — ни–ни

Дают Витамин Ц (внутривенно в выской дозе) и Витамин Д.

Антикоагуляция
Чем тяжелее пациент, тем более полезна антикоагуляция
Поворачивать больного на живот (пронанция)

Избегать интубации всеми способами
Смертность на интубации высокая

Ковид — не АРДС

Перспективными представляются ингибиторы вирусного вхождения в клетку, например, капли или спрей в нос
Это решило бы проблему
Как эффективно было бы прикончить вирус у вас в носу!

Что с иммунодефицитными больными?
Люди живут с агаммаглобулинемией, после пересадки на лекарствах от отторжения
Они очень подвержены инфекции, но переносят без цитокинового шторма, те имеют более мягкое течение болезни

Пост–ковидный синдром
Половина выздоровевших от ковида имеет долговременные симптомы: усталость, одышка, боль в суставах, боль в груди, кашель, отсутствие обоняния и вкуса, сухость глаз и рта (аутоиммуннное), головная боль, мокрота, боль в горле, головокружение, понос

Вакцины
Нет, шансы довольно низки

С подачи фармкомпаний сложили все яйца в одну корзинку, поставив на вакцину
Почему нет международного вакцинного клинического испытания, почему все действуют по отдельности?
Все медицинские организации — CDC, FDA, WHO — все действовали провально
Бразды правления захватили фармкомпании, которые нацелены на прибыль, и они толкают вперед эти многочисленные вакцины

Человечество провалило экзамен

Спасибо за внимание
Доктор уходит к себе на работу, больница у нас заполнена, реанимация тоже

https://youtu.be/GhL2FPcBHHQ
https://coronavirus.d3.ru

2.37286

В 2011-м году я написал о потрясающей научной новости: математики научились умножать две матрицы размером n x n за время O(n^2.373) вместо предыдущего рекорда O(n^2.376)
Этот результат был достигнут Вирджиней Вассилевская-Уильямс из Стэнфорда

С тех пор я не возвращался к этой теме, а прогресс не стоял на месте!
В 2012-м году Вассилевская-Уильямс улучшила свой результат до экспоненты 2.37288
В 2014-м гoду неожиданно ее обогнал француз Франсуа Ле Гал, доказав, что можно умножить за время n в степени 2.37287
И вот сейчас, буквально вчера!! - Вассилевская-Уильямс (теперь уже в МИТ, и с соавтором Джошом Альманом) опять вырвалась вперед, снизив экспоненту до рекордного и невероятного значения 2.37286

А вы говорите - выборы, коронавирус... тут такое происходит
Страшно даже подумать, что будет дальше

https://arxiv.org/abs/2010.05846

Мои твиты

  • Пт, 10:01: A strong no-go theorem on the Wigner’s friend paradox | Nature Physics https://t.co/VmW6IG5sd3
  • Пт, 10:01: The chip-making machine at the center of Chinese dual-use concerns https://t.co/ih3JbBTIfH
  • Пт, 10:01: Эта Коловратка (Collotheca) совершенно не восторге от своего улова Звездообразная диатомовая водоросль и зеленые водоросли мешают охотничьим усилиям коловратки-они случайно попали в ее вихревую ловушку Коллотека сокращается и пытается отправить свою нежелательную добычу обратно https://t.co/socynpiZXJ
  • Пт, 10:01: Один день лечения пациента с COVID-19 будет засчитываться за два при определении пенсионного стажа врачам https://t.co/UiMuBv7Qyp
  • Пт, 10:02: 13 000 000 000 лет эволюции галактики за несколько секунд Галактика начинает формироваться с небольших облаков из звезд и пыли, дрейфующих в космосе Когда такие облака сближаются, гравитация обьединят их друг с другом и связывает в более крупные вращающиеся группы @vKosmose https://t.co/Uo5CQoS9MK
  • Пт, 10:58: При обнаружении коронавируса хотя бы у одного ученика из класса, все остальные уйдут на удаленное обучение Такое решение принял мэр столицы, оно будет распространяться на все московские школы https://t.co/utJntM3i8S

Чипирование посредством вакцин: 1960–е

ncbi.nlm.nih.gov
Мы все прекрасно знаем о том, что будет в вакцине от ковида
Но интересно узнать что еще в далеких 1960–х в вакцинах были странные примеси
А именно, посторонний вирус в вакцине от полиомиелита
Как говорят не специально — но мыто знаем!

Да, случилась накладочка — в вакцину попал посторонний вирус, SV40, и этой вакциной много лет пользовались — в штатах до 1963, а местами и до 1980 годов
Вирус попал в вакцину из клеток почечной ткани зеленых мартышек на которой растили вирус и для живой, и для мертвой вакцины, пережил процесс инактивации, и видимо был вколот и впрыснут миллионам людей по всему миру

Дальше начинается непонятное
Видимо вирус уже был в популяции людей, и антитела были в крови значительного процента населения еще до начала вакцинаций
Но возможно теперь заразилось больше народу — хотя это и не доказано
Вирус является фактором в образовании злокачественных опухолей у грызунов — и возможно и у людей, блокируя процесс апоптоза в начальной стадии развития опухоли
Есть данные, что некоторые опухоли у людей несут следы вируса — но "накоплен значительный обьем эпидемиологических данных, который свидетельствует, что по–видимому SV40 не вызывает рака у людей"
В любом случае, сделать уже ничего нельзя — кто заразился тот заразился, а в современной вакцине примеси больше нет

Но в целом таки да — не чипировали, но конкретно прокололись
Бывает...
И Билл Гейтс тогда еще ходил пешком под стол — и вполне возможно был сам привит зараженной вакциной
Но сенсационный заголовок — половина успеха!

Collapse )

У SARS-CoV-2 есть S-белок, позволяющий ему эффективно связываться с рецептором ACE2 человека

Тем временем, похоже, разрешилась еще одна загадка, связанная с коронавирусом. Статья в Nature Microbiology вышла одновременно с нашей (см. предыдущий пост).

У SARS-CoV-2 есть S-белок, позволяющий ему эффективно связываться с рецептором ACE2 человека. Считайте этот рецептор точкой входа для этого и некоторых других коронавирусов.

На уровне генома SARS-CoV-2 очень похож на вирус летучих мышей RaTG13, хоть и отделен от него десятками лет эволюции. Но ключевое место S-белка, отвечающее за связывание с рецептором ACE2, у RaTG13 и SARS-CoV-2 отличается. По короткому, но важному фрагменту S-белка SARS-CoV-2 больше похож на коронавирус из панголина.

Была гипотеза, что SARS-CoV-2 — продукт рекомбинации. Была гипотеза конспирологов, что эту рекомбинацию провели в лаборатории. Оказалось, что все может быть куда проще.

Рекомбинация случилась у RaTG13, а способность эффективно связывать рецептор ACE2 была предковой для SARS-CoV-2 и родственных ему вирусов. Это повышает вероятность сценария, что коронавирус передался людям напрямую от летучих мышей. А промежуточный хозяин если и был, то не являлся необходимым условием передачи вируса человеку.

Boni, M.F., Lemey, P., Jiang, X. et al. Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic. Nat Microbiol (2020).

Необычные мутации коронавируса

Сегодня в рецензируемом научном журнале PeerJ у нас вышла статья по актуальной теме – публикация посвящена тому, как мутирует коронавирус, захвативший мир.

Прежде чем объяснять суть статьи напомню некоторые базовые вещи из курса молекулярной биологии (если вы владеете темой – переходите сразу к следующему абзацу). Итак, молекула ДНК представляет собой двойную спираль. Каждая из спиралей – это цепочка из четырех типов нуклеотидов, обозначаемых буквами A,T,G,C. В двойной спирали А ставится напротив Т, а G напротив С. Это называется принципом комплементарности, и он позволяет молекуле ДНК размножаться. Двойная спираль расплетается, и к каждой отдельной цепочке достраивается вторая по этому принципу. В итоге получается две двойные спирали. Копирование ДНК не идеально: иногда возникают случайные опечатки – мутации. Кроме того, с ДНК по этому же принципу комплементарности считываются одноцепочечные молекулы РНК, тоже состоящие из нуклеотидов. Нуклеотиды РНК обозначают буквами A,U,G,C. При синтезе РНК U ставится напротив А. Молекулы РНК используются для синтеза белков.

SARS-CoV-2 – вирус, наследственный материал (геном) которого представлен положительной, то есть используемой для синтеза белков, цепочкой РНК. ДНК у вируса нет. Мы заинтересовались, как изменился характер мутагенеза SARS-CoV-2 после того, как он перескочил к людям. Для этого мы взяли около тысячи полностью прочитанных геномов SARS-CoV-2 и посмотрели на этих данных относительные частоты уникальных одиночных мутаций, когда один нуклеотид A,U,G или C меняется на другой. Поскольку речь идет о разновидностях вируса человека, то все такие мутации произошли в ходе распространения вируса среди людей.

Для сравнения мы посмотрели на одиночные нуклеотидные замены между SARS-CoV-2 и родственными вирусами летучих мышей. Биоинформатические методы позволяют реконструировать предковый геном вируса. Отличия от этого предкового генома представляют собой замены, которые произошли до того, как вирус стал заражать людей. Аналогичные расчеты мы выполнили для двух других коронавирусов, которые перескочили от животных к людям: вируса атипичной пневмонии (SARS-CoV) и коронавируса HKU1.

Если посмотреть на относительное число нуклеотидных замен разного типа в ранней эволюционной истории SARS-CoV-2 до заражения людей, сложно заметить что-то особенное. Частоты таких замен похожи на аналогичные у SARS-CoV и HKU1. Это хорошо согласуется с работами, указывающими на естественное происхождение вируса.

Но после перехода к человеку у SARS-CoV-2 происходит удивительная вещь: примерно в десять раз увеличивается доля мутаций G в U. Причем такого эффекта не наблюдается для SARS-CoV или HKU1. Сначала мы думали, что это может быть ошибкой, но оказалось, что результат воспроизводится независимо от того, каким методом читались геномы, используем ли мы геномы из США или Китая, надежности мутационных данных и так далее.

Что еще более удивительно: мы не видим симметричного увеличения числа комплементарных мутаций C в А. Как я уже говорил, геном SARS-CoV-2 представлен положительной цепочкой молекулы РНК. Когда вирус заражает клетку, положительная цепь используется для синтеза отрицательных цепей, которые в свою очередь используются для синтеза новых положительных цепей, которые упаковываются в оболочки и передаются следующим клеткам. Нуклеотидам A,U,G,C на положительной цепи соответствуют нуклеотиды U,A,C,G на отрицательной. Если бы избыток мутаций G в U возникал за счет ошибок копирования РНК, то такие ошибки, вероятно, возникали бы при копировании как положительных, так и отрицательных цепей. Мутации G в U на отрицательной цепи – это C в А на положительной. Но избытка таких мутаций мы не видим. Выходит, одна из цепей должна мутировать избирательно.

Как такое возможно? В статье мы приводим одно возможное объяснение, аккуратно отмечая его недоказанный, гипотетический характер. Мы знаем, что предок SARS-CoV-2 жил в летучих мышах, которые в процессе эволюции выработали массу молекулярных механизмов, защищающих их клетки от окислительного стресса. Считается, что это позволяет летучим мышам без симптомов распространять массу вирусов, которые вызывали бы тяжелые болезни у других животных.

Известно, что окислительный стресс приводит к избытку мутаций G в Т в ДНК, за счет формирования 8-оксигуанинов. Это такие неправильные буквы G. В норме в ДНК напротив G ставится C, но напротив 8-оксигуанинов могут ставиться как C так и А. Затем напротив А ставится Т, а это и значит, что исходное G поменялось на Т. Есть работы, показывающие, что 8-оксигуанины могут аналогичным образом вносить ошибки при синтезе РНК.

Теперь представим, что на поздних этапах заражения клеток человека возникает как пик синтеза положительных цепей SARS-CoV-2, так и пик окислительного стресса, ведущего к высокому содержанию 8-оксигуанинов в РНК. Именно положительные цепи, обогащенные 8-оксигуанином, передадутся следующим клеткам. Отрицательные цепи, даже если они тоже обогатятся 8-оксигуанином, никуда не передадутся. Поэтому мы увидим только то, как на положительных цепях G заменяется на U. Но я еще раз повторю, что это только гипотеза. Кроме того нас удивляет, что мы не видим такого же эффекта в случае с вирусом атипичной пневмонии.

Сформулирую выводы кратко: мутагенез SARS-CoV-2 изменился после заражения людей весьма интересным способом – возможно, из-за того, что вирус оказался в новой для себя среде. Никаких намеков на то, что в эволюцию вируса кто-то вмешивался искусственно, в данных по заменам мы не видим.

[1] Panchin AY, Panchin YV. 2020. Excessive G–U transversions in novel allele variants in SARS-CoV-2 genomes. PeerJ 8:e9648 https://doi.org/10.7717/peerj.9648

Collapse )

«О броме»

Александр Панчин «Прочитал свежие мысли Петра Гаряева про Коронавирус

Обещаю, вы будете в восторге!

Collapse )

Мои твиты

  • Вс, 13:07: "Сменилось место, обстоятельства, Система символов и знаков, Но запах, суть и вкус предательства На всей планете одинаков"
  • Вс, 13:11: Самая глубокая фотография видимой Вселенной от Hubble https://t.co/hjRI6vDKKK
  • Вс, 13:18: Инфузория, имеющая ресничную оболочку, даже не пытается отбиваться от этих мелких бактерий, которые окружили ее Они… https://t.co/YbnSqCpG3t
  • Вс, 18:33: Flyboard Air, летающая платформа, снабженная четырьмя воздушно-реактивными двигателями, на керосине, способна разви… https://t.co/BjwHTx13Eo
  • Вс, 20:04: Гинеколог предупредила об опасности коронавируса для мужчин - РИА Новости, 30.06.2020 https://t.co/ENi2Wk64QG
  • Вс, 22:29: Диплом у всех – всё равно что ни у кого https://t.co/gJk5vhlFbr
  • Пн, 10:23: Если рассматривать Библию с точки зрения Иуды, то это будет история сознательного гражданина, внедрившегося в секту… https://t.co/QDT5YuMPA7