После 1891 года Геккель целиком уходит в разработку философских аспектов эволюционной теории.
Он становится страстным апологетом «монизма» — научно-философской теории, призванной заменить религию, а в 1906 году основывает «Союз монистов» (Deutscher Monistenbund) для продвижения своих религиозных и политических убеждений (в его составе был и Вильгельм Фридрих Оствальд). Впрочем, он включал и лиц с иными взглядами, в том числе либеральными и левыми.
Политические убеждения Геккеля сложились под влиянием его близости к немецкому романтическому движению в сочетании с его принятием некой формы ламаркизма. Не будучи строгим дарвинистом, он считал, что характеристики организма приобретаются в результате взаимодействия с окружающей средой и что онтогенез отражает филогенез. Он считал, что социальные науки (как и политика) являются частными случаями «прикладной биологии», и эта фраза использовалась нацистской пропагандой, равно как и популяризация им расистской версии социал-дарвинизма.
Как защитник полигенетической теории происхождения различных человеческих рас не только в разных местах, но и от разных предков (которую он развил не без влияния идей лингвиста Августа Шлейхера) он стал теоретиком «научного расизма» и резко разошёлся со своим бывшим ассистентом Николаем Миклухо-Маклаем, сторонником равенства рас. Геккель отвергал дарвиновское учение об Африке как прародине человечества и искал её в Азии: он считал, что люди тесно связаны с приматами Юго-Восточной Азии и местом, где развивались первые люди, был Индостан (Индийский субконтинент), а затем даже начал включать в свои построения «потерянный континент Лемурия».
При этом Эрнст Геккель длительное время поддерживал пацифистские идеи и антивоенное движение Берты фон Зуттнер. В 1913 году он с французской социалисткой Генриеттой Мейер основал Франко-немецкий институт примирения (L’Institut Franco-Allemand de la Réconciliation). В печатном органе этого института, в редакционной статье под названием «Разум и война» Геккель осудил гонку вооружений и национальный шовинизм, поразивший Германию, Францию и Великобританию. Считается, что Геккель был первым, кто использовал термин «мировая война» уже вскоре после её начала — газета «Indianapolis Star» цитировала его заявление уже 20 сентября 1914 года. Впрочем, он и сам поддался националистической истерии, и его имя появилось в числе подписавших «манифест девяносто трёх».
В своей «Онтологии и филогенезе» палеонтолог Стивен Джей Гулд писал: «Эволюционный расизм [Геккеля], его призывы к немецкому народу о расовой чистоте и непоколебимой преданности „справедливому“ государству, его убеждение о том, что жёсткие, неумолимые законы эволюции в равной степени управляют человеческой цивилизацией и природой, приписывая привилегированным расам право господствовать над остальными… всё это способствовало росту нацизма».
Взгляды Геккеля выражены в книге «Мировые загадки» (нем. Die Welträthsel. Gemeinverständliche Studien über monistische Philosophie, Штутгарт, 1899) и в написанной в качестве дополнения к ней книге «Чудеса жизни» (нем. Die Lebenswunder. Gemeinverständliche Studien über biologische Philosophie. Ergänzungsband zu dem Buche über die Welträthsel, Штутгарт, 1904). Книга «Мировые загадки» вошла в число популярных естественно-научных произведений и неоднократно переиздавалась во многих странах мира. В России книга была впервые переведена и опубликована в 1906 году. Оценивая роль изложенных в книге взглядов Э. Геккеля в контексте значения борьбы материализма с идеализмом и агностицизмом, В.И. Ленин писал в 1908 году в работе «Материализм и эмпириокритицизм»: «Сотни тысяч экземпляров книги, переведенной тотчас же на все языки, выходившей в специально дешевых изданиях, показали воочию, что книга эта „пошла в народ”, что имеются массы читателей, которых сразу привлек на свою сторону Э. Геккель. Популярная книжечка сделалась орудием классовой борьбы». Впрочем, Ленин тут же ссылается на слова Франца Меринга об ограниченности материализма Геккеля: тот «понятия не имеет об историческом материализме, договариваясь до целого ряда вопиющих нелепостей и насчет политики, и насчёт „монистической религии”».